Computersystem für Krebsforscher

Prof. Martin Dugas, hier mit seinen Mitarbeitern Christian Ruckert (l.) und Hans-Ulrich Klein (r.), ist Initiator des neuen Genatlas
Prof. Martin Dugas, hier mit seinen Mitarbeitern Christian Ruckert (l.) und Hans-Ulrich Klein (r.), ist Initiator des neuen

Bis zu einem Terabyte für einen einzigen Patienten, mehr als der Speicherplatz gängiger Heimcomputer: Die Datenmengen, die in der modernen Leukämieforschung anfallen, sind riesig – und die Auswertung sowie Interpretation nur mit modernen Informatik-Verfahren möglich. Ein solches entwickelt mit dem weltweiten „Leukämie-Genatlas“ derzeit das Institut für Medizinische Informatik und Biomathematik (IMIB) der Universität Münster. Den Aufbau der neuen Datenbank ermöglicht die Deutsche José Carreras Stiftung, die für das Projekt eine Anschubfinanzierung von rund 120.000 Euro zur Verfügung stellt.

Carreras-Stiftung fördert weltweiten „Leukämie-Genatlas“

Unter der Leitung von Prof. Martin Dugas wird das IMIB in seinem Leuk ämie-Genatlas ab Oktober alle wichtigen veröffentlichten Studiendaten zur molekularen Leukämieforschung sammeln. Auf „etwa 300 bis 400 weltweit“ schätzt der Mediziner und Informatikprofessor die Zahl der Publikationen, die in den nächsten zwei Jahren ausgewertet und eingefügt werden müssen. Ziel sei es, die molekularen Daten inklusive der zugehörigen Labor- und Klinikangaben für die Forschung zugänglich und vergleichbar zu machen. Als Vorbild dient die Datenbank REMBRANDT des US-amerikanischen Nationalen Krebsinstitutes, die Informationen zu Hirntumoren bereitstellt.

Beim Aufbau des Genatlanten – „wegen der abweichenden Studienmethoden leider viel Handarbeit“, so Dugas – kooperiert das IMIB mit Leukämieforschern in Münster, München, Ulm, Mannheim, Dresden und Los Angeles. Durch die Rückkopplung mit diesen Partnern soll das Computersystem dynamisch an die Nutzeranforderungen angepasst werden.

Der Hintergrund: Im der Leukämieforschung gibt es derzeit eine regelrechte Datenexplosion. Während die schon seit längerem verfügbaren Genexpressions-Chips „nur“ einige Zehntausend Messpunkte liefern, produzieren so genannte SNP-chips und vor allem neue Sequenzierverfahren wie zum Beispiel ChIP-Seq nun Millionen von Datenpunkten je Patient.

Im Vergleich zu bestehenden Informationsquellen wie GEO oder ArrayExpress werden Leukämieforscher in dem neuen Genatlas die gesuchten Angaben nicht nur wesentlich schneller, leichter und kompletter finden: „Durch unsere Vorarbeit ist es möglich, neue Leukämiedaten aus klinischen Studien oder Experimenten mit Zelllinien halbautomatisch mit bereits verfügbaren Informationen abzugleichen“, erläutert Dugas. Diese Funktion sei nicht zuletzt deshalb hilfreich, weil die neuen aufwändigen und teuren Laborverfahren eine computergestützte Qualitätskontrolle benötigen: „Mit dem Genatlas lässt sich schnell erkennen, ob die eigenen Forschungsergebnisse mit denen anderer Wissenschaftler übereinstimmen“. Manche kostenintensive Studie dürfte laut Prof. Dugas durch den Atlas sogar überflüssig werden, weil dieser sie als Dopplung erkennbar macht.

Über den Nutzen als Arbeitshilfe und als „Motor“ für die beschleunigte Umsetzung neuer Erkenntnisse in der klinischen Anwendung hinaus sieht er noch eine weitere Bedeutung der Datenbank. Zwar gehöre die Leukämie zu den vergleichsweise seltenen Krebserkrankungen, doch habe sie in der Forschung Modellcharakter für andere Krebsarten: „Das Zellmaterial ist für molekulare Untersuchungen besonders gut geeignet. Daher lässt sich auch der Zusammenhang zwischen bestimmten menschlichen Genen und einer Anfälligkeit oder eben Widerstandsfähigkeit gegen Krebs viel besser analysieren“, so Dugas. Auch für andere Fachdisziplinen bis hin zur Stammzellforschung sei der Gen-Atlas somit interessant. Eine Fortführung über die Förderung der Carreras-Stiftung hinaus hält er deshalb für „unbedingt sinnvoll“ und will schon in Kürze nach weiteren Geldgebern suchen.

Pressemitteilung Westfaelische Wilhelms-Universität Münster, Norbert Frie


Krebszeitung

--Download Computersystem für Krebsforscher als PDF-Datei --


  • Rauchen schädigt die eigene Gesundheit und die Gesundheit anderer
    Deutsche Krebshilfe

    Berlin (jft) – Am 31. Mai 2009 ist Welt-Nichtrauchertag. Unter dem diesjährigen Motto „Ein Bild sagt mehr als tausend Worte“ fordern Gesundheitsexperten weltweit die Einführung von bildlichen Warnhinweisen auf Tabakverpackungen. „Rauchen ist der größte vermeidbare Gesundheitsrisikofaktor und verantwortlich für ein Drittel aller Krebserkrankungen“, betonte Professor Dr. Dagmar Schipanski, Präsidentin der Deutschen Krebshilfe, anlässlich einer Pressekonferenz heute, am 26. Mai 2009, in Berlin. „Wir müssen handeln und die Raucherquoten senken!“ Die Deutsche Krebshilfe ist Mitglied im AKTIONSBÜNDNIS NICHTRAUCHEN.

    […mehr lesen]

  • Schematische Darstellung wie die Leber während der Behandlung vom restlichen Kreislauf abgekoppelt wird. - Quelle: Delcath
    Leberkrebs

    Über neue Behandlungskonzepte und aktuelle Forschungsergebnisse bei Leberzellkarzinom diskutieren rund 200 Wissenschaftler und Ärzte verschiedener Fachrichtungen auf einem internationalen Forschungskongress vom 5. bis 7. Juli 2012 in Heidelberg. Gastredner ist der Heidelberger Nobelpreisträger Professor Dr. Harald zur Hausen. Zu seinem Vortrag „Vaccination against Cancer: Results and Perspectives” am Donnerstag, den 5. Juli 2012, um 15.15 Uhr sind die interessierte Bevölkerung und Journalisten herzlich eingeladen. Die Vortragssprache ist Englisch. Veranstaltungsort ist das Kommunikationszentrum des Deutschen Krebsforschungszentrums, Im Neuenheimer Feld 280, 69120 Heidelberg.

    […mehr lesen]

Google News – Gesundheit

  • Mit der Genschere gegen Malaria
    am 25. September 2018 um 16:57

    Mit der Genschere gegen Malaria  DeutschlandfunkMalaria: Stechmücken durch Gen-Manipulation eliminiert  Gesundheitsstadt BerlinManipulation mit CRISPR lässt Populationen von Malaria-Mücken kollabieren  derStandard.atLässt sich Malaria mit Gene Drive vollständig ausrotten?  Deutsche […]

  • Bewegung könnte den kognitiven Verfall bei seltener Alzheimerkrankheit verzögern
    am 25. September 2018 um 16:15

    Bewegung könnte den kognitiven Verfall bei seltener Alzheimerkrankheit verzögern  Deutsches ÄrzteblattKörperliche Aktivität kann kognitiven Abbau bei genetisch verursachtem Alzheimer verlangsamen  Medizin-AspekteFull coverag […]

  • Neue Antibiotika-Hoffnung bei gramnegativen Bakterien
    am 25. September 2018 um 15:50

    Neue Antibiotika-Hoffnung bei gramnegativen Bakterien  DAZ.onlineVabomere gegen Harnwegsinfektion APOTHEKE ADHOC, 25.09.2018 10:09 Uhr  APOTHEKE ADHOCFull coverag […]

  • 3 Studien mit mehr als einer halben Million Teilnehmern wecken erhebliche Zweifel an der Low-Carb-Diät
    am 25. September 2018 um 15:00

    3 Studien mit mehr als einer halben Million Teilnehmern wecken erhebliche Zweifel an der Low-Carb-Diät  Business Insider DeutschlandStudie: Die mediterrane Diät senkt das Schlaganfallrisiko bei Frauen  FIT FOR FUNFull coverag […]

  • Eine Fettleber lässt sich heilen
    am 25. September 2018 um 14:56

    Eine Fettleber lässt sich heilen  Heilpraxisnet.deFettleber – häufigste Lebererkrankung kann durch Diät und Bewegung vermieden und geheilt werden  Medizin-AspekteFettleber - häufigste Lebererkrankung in Deutschland kann durch Diät und Bewegung vermieden und geheilt werden  Verbände […]